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Thursday, August 1, 2013

u.


唇槍舌戰聒聒噪語停止。

望著銀幕想了又想了。"恩 應該是,他希望和他之前所做的in vitro細胞實驗做比較的話,那在這裡應該是代表in vitro 和in vivo兩者在不同濃度的。" 

椅背上坐著的那個人,背對著只露出一頭凌亂的頭髮,很用力很用力的嗤了一下鼻,肩膀不削的抖了一下。

我望著其他人,窸窸細語,在日光燈下的他們好慘白,他們究竟是什麼人? 為什麼可以像雕像一樣靜止著卻發出從齒縫間流動的氣音? 

椅背的人不動。

依照以往,沉默的時候總該要有人開頭說話,通常就是那個最害怕沉默的人。

"因為在稀釋濃度下分子的自由度比較高,而本篇其實就是想要探討crowding effect,比較在壅擠的實際細胞裡面,蛋白質可能會因為周圍分子推擠的影響產生折疊或不折疊的效果。...所以我認為,在這裡兩者應該真的是濃度的差異。"

椅背旋轉到了正面。從眼鏡的上方,不耐煩的眼停留在扭曲的鼻子扭曲的嘴巴上頭,皺紋一張一合的說著
" 什麼叫做比較? 你可以給我一個科學的答覆嗎? 就他們的threshold在哪裡?"
"婀 裡面真的沒有提到確切的數值"
"怎麼可能 一定有寫"

partner用力埋首在這個前後文顛三倒四的paper裡,method像introduction,discussion也像introduction,results倒像是汽車展覽的show girls一樣make no sense.

他一直嘗試在往錯誤的方向糾正我。不要否決阿,我之前所做的努力。

於是他埋首,我繼續。失去了reputation,好像講什麼都無所謂了。我乾燥的講著,癱瘓在椅背上的人不斷調動姿勢。果然,過了一張投影片,又回到了同一個問題。 
"你這張投影片根本就不是做這樣的實驗"
"為什麼不"
"哪裡來的in vivo? in vitro"
"我剛剛在定義上就有說,他是用自由能來定義,正值代表的是細胞越喜歡在in vivo 負值則是in vitro。至於問題就等於剛剛,就是老師想知道他們之間門檻在哪裡。而在這裡作者並沒有多加解釋,可以先保留我繼續嗎?"

然後又把我拉進了莫比塢死帶。again。





partner找到了。他寫在abstract喔,他說是在無限稀釋的環境裡。 




Wednesday, March 27, 2013

AN xiety

Algorithm
1. determine the position
2. concentration
3. determine the code

note:
1. Lancet set may change the light environment inside

2. fix or flexible


Monday, September 10, 2012

fslcc

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Monday, July 18, 2011

note MRI

Stimulation – control à 30 % differences
n  Spontaneous correlations = functional connectivity ?
ICA (independent component analysis)
Review : Calhoun NeuroImage 2008/ Cole Frontiers Sys Neur 2010
ICA : Comon Signal Processing 1994/ Bell Neural Computation 1995
ICA for fMRI: McKeown Human Brain Mapping 1998
ICA for resting fMRI: Kiviniemi NeuroImage 2003
ICA for FMRI software: MELODIC in FSL/ GIFT / Brain voyager
Pattern:
Beckmann phil trans toy soc b 2005 / Smith  PNAS 2009
Which area is activate with the task
Temporal characteristics:
n  Dynamic Causal Modelling friston Neuroimage 2003
1.     fit to FMRI data using Bayesian methods
2.     not yet proven for high-dimensional resting FMRI
n  Lag-based, e.g. Granger causality Gobel MRI 2003
1.     If timeseries B lags behind A then A causes B
2.     Haemodynamic variability a serious problem
Paper: Smith Neuroimage 2010 / rubinov neuroimage 2010 (graph theory)
Craddock MRM 2009 (applications of network matrix)
HCP – pushing spatial & temporal resolusion Feinberge PLoS 2010

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n  Functional Connectivity
Region 1 / seed à correlated ?
Region 2 / seed à correlated ?
n  Potential roles of resting-state FMRI in neuropsychiatric disorders
n   Disease mechanism
n   Diagnostics
n   Prognostics
n   Treatment efficacy ( seizure/ epilepsy)
è Paper : Soddu et al., Hum Brain Mapp 2011
n  Alzheimer biomarker
Greicius et al PNAS 2004
n  FTD pateint vs AD
Zhou et al brain. 2010